Родился в семье польского аристократа, лишенного владений и дворянских прав за участие в Польском восстании 1863 года.

В 1892 году Жуковский, вопреки воле отца, отправился в Москву учиться живописи. Учился у И. И. Левитана; закончил Московское училище живописи, ваяния и зодчества. С 1895 года Жуковский участвует в выставках передвижников. В 1899 году его картина «Лунная ночь» была приобретена в собрание Третьяковской галереи.

К началу XX века Жуковский стал одним из самых известных в России пейзажистов импрессионистического направления. Участвовал в выставках «Мира искусства». Жил преимущественно в Москве. Организовал здесь частную школу, где преподавал в 1907—1917. Много путешествовал по Средней России, изучая старинные «дворянские гнезда».

В 1923 году художник уехал в Польшу. В 1930 годах И. И. Бродский и другие друзья художника уговаривали Жуковского вернуться в СССР, но он оставался в Польше.

Во время Второй мировой войны художник был арестован нацистами.

Умер в концентрационном лагере в Прушкове в 1944 году.